Edirne'de 15. yüzyıl sonunun bir başka karakteristik yapısı da II. Sultan Bayezit tarafından 1484-1488 yılları arasında Mimar Hayrettin'e yaptırılan II. Bayezit yapılar topluluğudur. Cami, imaret, hastane, medrese, hamam, mutfak ve ambarlardan oluşan bu yapı, İslam dünyasının en büyük dini hayır kurumlarından biridir. Dört duvar üzerine oturan 21 metre çapında büyük kubbe ile örtülmüş olan caminin sağ ve solunda daha alçak dokuz kubbeli bir tabhane bölümü bulunur. Mermerden oluşmuş minberi ayrı bir değer taşır. Somaki sütunlara dayalı mahfel ilk kez bu camide kurulmuştur.
Caminin kapısı ahşap işçiliğin en güzel örneklerindendir. Külliye içinde medrese ve hastane yer alır. Hastanenin en önemli mekanı büyük kubbeli kısımla bunun etrafında sıralanan altı kubbeli oda ve beş sedirli sofadan oluşur. Medresesi revakla çevrili bir bahçenin etrafında kubbelerle örtülü on sekiz talebe odasıyla, büyük kubbeli dershaneden meydana gelir, bahçe ortasında bir şadırvan vardır. Caminin doğu tarafında imaret, fodla (ekmek fırını) ve mumhane yer alır. Şifahane günümüzde Trakya Üniversitesi'ne bağlı Sağlık Müzesi, Medrese ise Aile Hekimliği birimi olarak hizmet vermektedir. Trakya Üniversitesi, Sultan II. Bayezit Külliyesi'ni oluşturan birimlerin yaşama geçirilmesi çabaları çerçevesinde, Osmanlı mimarisinin özgün özellikler içeren Şifahane ve Tıp Medresesi bölümlerini yeniden düzenleyerek Sağlık Müzesi oluşturmuş ve yaşamına süreklilik kazandırmıştır. Diğer birimleriyle birlikte Mimar Hayrettin'in planladığı Darüşşifanın külliye içinde yer alması, poliklinik, yataklı hasta bakımı, psikolojik hastalar için müzikle tedavi ve devasız akıl hastalarına ayrılan odalarla tasarlanmış olması önemlidir.
